Het depot beheert vondsten en bijbehorende informatie op een duurzame manier. Daarnaast stelt het depot vondsten en onderzoeksdocumentatie beschikbaar aan organisaties voor onderzoek en exposities. Dit kunnen musea, verenigingen, (particuliere) onderzoekers en universiteiten zijn. Ook fungeert het NAD als archeologisch kenniscentrum en vondstmeldingsloket voor vondsten die buiten het archeologisch proces gedaan worden, zoals van particulieren. In het depot is een bezoekerscentrum aanwezig waar lezingen kunnen worden gegeven.
In het Noordelijk Archeologisch Depot worden sinds 1997 archeologische vondsten uit de noordelijke provincies bewaard. Deze vondsten en bijbehorende documentatie zijn afkomstig van opgravingen die zijn uitgevoerd door universiteiten, musea en archeologische onderzoeksbureau's, maar ook van amateurarcheologen en andere particulieren die hun vondsten aan het depot hebben overgedragen. Deze vondsten zijn eigendom van de provincie waarin ze zijn gevonden.
Het instandhouden van een provinciaal archeologisch depot is een wettelijke taak die belegd is bij de Gedeputeerde Staten van Groningen, Fryslân en Drenthe. Deze hebben aan de hand een bestuursovereenkomst afgesproken deze taak gezamenlijk uit te voeren via het archeologisch depot in Nuis. Voor de dagelijkse beheer van de collectie en de gebouwen zijn drie depotbeheerders aangesteld die door hun vakinhoudelijke kennis naast het beheren van de collectie ook bijdragen aan informeren en delen van kennis over de archeologie in Noord Nederland.
Hiermee voldoen de provincies aan artikel 4 uit de erfgoedwet.